Assassin's Creed Black Flag conta com um total de 51 missões principais, das quais 8 foram adicionadas especificamente para a versão Resynced. Além disso, existem cerca de 61 missões secundárias, abrangendo contratos de Assassinos, missões de Oficiais e colecionáveis, totalizando aproximadamente 145 missões no jogo.

A divisão das missões é a seguinte:

  • 51 missões principais
  • 6 missões secundárias
  • 16 Missões de Glórias Passadas
  • 16 Missões de Mistérios Maias
  • 11 Missões do Oficial
  • 30 Contratos de Assassinos
  • 15 Contratos Navais

As 51 missões principais estão distribuídas em 12 sequências, com o novo conteúdo liberado ao final da Sequência 11. Abaixo, veja a lista das missões principais:

Lista de Missões Principais

  • Sequência 11
  • Edward Kenway
  • Sequência 2
  • Havana Viva
  • ...e Meu Açúcar
  • Mister Walpole, Presumo?
  • Um Homem Chamado Sábio
  • Reivindicando o que é Devido
  • A Frota do Tesouro
  • Sequência 3
  • Este Capitão Novato
  • Agora Contratando
  • Prêmios e Saque
  • Erga a Bandeira Negra
  • Cana-de-Açúcar e Seus Rendimentos
  • Defesa Apropriada
  • Um Louco Solitário
  • Sequência 4
  • Esta Velha Baía
  • Nada é Verdade
  • O Segredo Enterrado do Sábio
  • Sequência 5
  • As Fortificações
  • Vendedor Ambulante
  • Sem Tripulação
  • Sequência 6
  • Mergulhando por Medicamentos
  • Advogado do Diabo
  • A Cerco de Charles-Towne
  • Sequência 7
  • Exigimos uma Parley
  • O Plano da Pólvora
  • Comodoro Oitenta e Seis
  • O Barco de Fogo
  • Sequência 8
  • Não Vá Suavemente...
  • Sequência 9
  • Imagine Minha Surpresa
  • Confiança é Conquistada
  • Sequência 10
  • O Jogo de Black Bart
  • Assassinato e Caos
  • A Observatório
  • Sequência 11
  • Para Sofrer Sem Morrer
  • Delírio
  • Tudo é Permitido
  • Sequência 12
  • Um Governador Não Mais
  • Desgraça Real
  • Sangue Tóxico
  • Sempre um Estilhaço
  • Um Mundo Sem Ouro

As missões secundárias incluem uma variedade de objetivos, como contratos de Assassinos e missões de Oficiais, que oferecem uma experiência adicional ao jogador. Cada uma dessas missões contribui para a narrativa e o desenvolvimento do personagem dentro do jogo.