Metro 2039 se destaca como a edição mais sombria da série até agora. Enquanto Metro Exodus abordava a esperança de um futuro melhor após a devastação de Moscou, seu sucessor leva os jogadores de volta a um "inferno" abandonado pela esperança.
O jogo se passa quatro anos após a fuga de Artyom e dos Spartan Rangers do metrô de Moscou. De acordo com o diretor criativo Andriy Shevchenko, a maior mudança é que quase todo o metrô agora está sob um único comando, liderado pelo Führer Hunter, criando um sistema completamente diferente e mais sombrio.
Shevchenko enfatiza que o jogo explora os horrores da tirania e o custo do silêncio, refletindo sobre a busca pela liberdade. A narrativa se concentra na jornada do protagonista, chamado Stranger, e como suas experiências pessoais se entrelaçam com a opressão do regime de Novoreich.
Jon Bloch, produtor executivo, destaca que enquanto os jogos anteriores lidavam com a prevenção da guerra, Metro 2039 foca nas consequências dela, apresentando uma moralidade clara: não há esperança nem futuro, exceto o que é prometido pelo Führer.
Os desenvolvedores prometem que a experiência será mais claustrofóbica e opressiva, contrastando com a busca por liberdade em Metro Exodus. A intenção é levar os jogadores a uma imersão profunda nas raízes sombrias do universo Metro.