Shigeru Miyamoto, criador de Super Mario, comentou sobre a criação de um dos jogos mais sombrios da Nintendo, The Legend of Zelda: Twilight Princess, que surgiu após a recepção mista de The Wind Waker.
Embora Wind Waker tenha se tornado um clássico amado, especialmente por seu estilo artístico em cel-shading, sua recepção inicial foi problemática, principalmente na América do Norte. Muitos jogadores consideraram a estética do jogo muito "infantil", o que impactou as vendas.
De acordo com Eiji Aonuma, produtor da série Zelda, em uma palestra na GDC 2007, a equipe estava desenvolvendo uma sequência direta para Wind Waker, mas decidiu mudar radicalmente o projeto. Aonuma consultou a Nintendo of America sobre as vendas e entendeu que a técnica de cel-shading afastava o público adolescente, que era a base de fãs da franquia.
Com isso, a equipe optou por criar um jogo com um estilo mais sombrio, resultando em Twilight Princess. O cenário principal do novo jogo seria em terra firme, ao contrário do mar de Wind Waker. Um dos desafios enfrentados foi adaptar o design do Toon Link, que não se encaixava bem em montarias.
No final de 2003, Aonuma se reuniu com Miyamoto para discutir a criação de um Zelda mais realista. Miyamoto, inicialmente cético, aconselhou Aonuma a implementar mecânicas que não haviam sido exploradas em Ocarina of Time, como permitir que Link atacasse inimigos enquanto montava um cavalo.
Twilight Princess acabou se tornando um sucesso, mesmo que isso significasse o cancelamento de Wind Waker 2. O trailer do jogo, exibido na E3 de 2004, impressionou tanto jogadores quanto a mídia, apesar de ainda estar nos estágios iniciais de desenvolvimento. Aonuma destacou a pressão em criar um jogo que atendesse às expectativas dos fãs na América do Norte, temendo que falhasse e pudesse significar o fim da franquia.