A versão Resynced de Assassin's Creed Black Flag, lançada em julho de 2016, trouxe melhorias em relação ao título original de 2013, mas ainda apresenta falhas. A Ubisoft não incluiu recursos como o combate com lâmina oculta e a possibilidade de pegar armas do chão, deixando muitos jogadores insatisfeitos.
Um desejo comum entre os fãs é a opção de trocar o navio, o que não foi implementado nem no remake. Embora o Jackdaw seja um navio icônico, muitos jogadores prefeririam comandar outros modelos, como os galeões espanhóis e ingleses, que aparecem ao longo da história do jogo.
A mecânica para pilotar navios como a Vingança da Rainha Ana já existe, mas a Ubisoft não a utilizou. Treze anos após o lançamento do jogo original, a comunidade de modding do Nexus Mods se tornou a solução para os jogadores que buscam essa personalização. Existem diversos mods disponíveis, incluindo o "Royal Fortune Playable", que permite substituir o Jackdaw pelo navio de Bartholomew Roberts.
Embora o mod ofereça novas experiências, ele tem suas limitações, como a impossibilidade de trocar munição entre canhões de bombordo e estibordo. Essa opção já estava disponível na versão original do jogo.
