Com o lançamento da Metal Gear Solid Master Collection Vol 2, ficou confirmado que as versões de Metal Gear Solid 4 para Nintendo não possuem mais referências ao PlayStation. O jogo, que era um exclusivo para PS3, apresentava consoles da Sony durante a jogabilidade, como um PS3 na aeronave de Snake e Otacon, e Sunny jogando no PSP.
Os fãs notaram que a linha famosa sobre o PS3 foi alterada para se referir à plataforma que o jogador está utilizando. Além disso, a Konami havia mudado a imagem no manual online para mostrar o PS3 novamente, mas agora, com a coleção lançada, foi confirmado que os jogadores do Switch não verão o console da Sony.
Nas versões para PS5, Xbox Series X|S e PC, os consoles e controles da PlayStation permanecem, mas nas versões para Switch, o DualShock e o PSP foram trocados por versões genéricas, enquanto um sapo Kerotan, de Metal Gear Solid 3, ocupa o lugar do PS3.
Embora não tenha havido um comunicado oficial sobre essa mudança, muitos acreditam que a decisão partiu da própria Nintendo. Curiosamente, o PS3 ainda aparece na versão para Switch da primeira coleção, mas em uma forma de baixa resolução.
Se essa mudança for o preço a pagar para que Metal Gear Solid 4 esteja disponível em mais plataformas, muitos consideram que não é um grande problema.