Fire Emblem: Fortune's Weave é dividido em três partes principais, com estruturas diferentes para cada uma. O jogo começa com um prólogo e um interlúdio, seguidos por quatro caminhos distintos no primeiro ato — cada um com 12 capítulos — focados em um dos quatro protagonistas: Cai, Dietrich, Leda e Theodora.
Após concluir qualquer um dos caminhos do Parte 1, você carrega personagens recrutados e itens obtidos para as partes subsequentes. É possível retornar a caminhos já concluídos ou iniciar um novo, mesmo após começar a Parte 3. No entanto, alterações feitas em caminhos antigos só refletem na Parte 3 após a conclusão de todos os caminhos do primeiro ato.
A Parte 2, chamada de War Arc, é a mesma para todos os caminhos, com cinco capítulos principais e um final mais sombrio. Já a Parte 3, a Salvation Arc, tem seis seções, com foco em eventos finais e desfechos alternativos. Essa parte exige cerca de 40 horas para ser concluída, com muitas missões secundárias e desafios de progressão.
De acordo com o relato do jornalista, completar todo o jogo no modo casual levou 147 horas. Um caminho completo do Parte 1 pode levar entre 40 e 50 horas, dependendo do tempo investido em recrutamento, treinamento e exploração. A Parte 2 leva cerca de 10 horas, mas pode ser pulada — embora isso signifique perder oportunidades de nivelar unidades e ver eventos narrativos importantes.
Para jogadores que querem uma experiência mais rápida, é possível pular a Parte 2 e ir direto para a Parte 3. Já para quem busca completar tudo, incluindo todos os caminhos e classes divinas, a jornada pode ultrapassar 140 horas.
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